Όλα τα προηγούμενα χρόνια, ανά διετία, πραγματοποούνταν οι αθλητικές Πανεπιστημιάδες, με σημαντικές συμμετοχές και επιδόσεις. Τα τελευταία χρόνια έχουν αναβληθεί και προγραμματίζεται από το Υπουργείο Παιδείας η επανέναρξή τους όταν θα είναι εφικτό.

Μέχρι σήμερα, το Πανεπιστημιακό Γυμναστήριο έχει διοργανώσει δύο πανελλήνιες αθλητικές Πανεπιστημιάδες με απόλυτη επιτυχία, μια το 1997 και μια το 2006.